Die Alexander Schmidheiny Stiftung wurde 1993 von Dr. Stephan Schmidheiny im Gedenken an seinen jung verstorbenen Bruder Alexander gegründet. Stephan Schmidheiny hat als Industrieller und Pionier die Tradition seiner Familie auf ganz eigene Weise weitergeführt und damit Industriegeschichte geschrieben. Neben seinem Engagement in der Wirtschaft begleitete Stephan Schmidheiny auch die politischen, gesellschaftlichen und kulturellen Entwicklungen stets eng. Als Berater der UNO und der OECD, als Redner, Buchautor, Gründer des World Business Council for Sustainable Development und Schöpfer des Begriffs Ökoeffizienz verlieh er der Debatte über die nachhaltige wirtschaftliche, soziale und ökologische Entwicklung weltweit wichtige Impulse.
Schon früh beschäftigte er sich mit der unternehmerisch geprägten Philanthropie. Neben der Alexander Schmidheiny Stiftung schuf Stephan Schmidheiny in der Schweiz auch die Avina Stiftung. In Lateinamerika sind seine Stiftungen Fundes, die Fundación Avinaund MarViva aktiv. Gespiesen werden die lateinamerikanischen Stiftungen vom gemeinnützigen Viva Trust, dem Stephan Schmidheiny 2003 seine industriellen Beteiligungen in der Region vermacht hat. Die Stiftungen von Stephan Schmidheiny haben bisher mehr als 500 Mio. Franken in gemeinnützige Projekte investiert.
Der Stiftungsrat der Alexander Schmidheiny Stiftung ist verantwortlich für die Strategie und die wirksame Umsetzung des Stiftungszwecks. Er führt die Stiftung nach den Grundsätzen der Good Foundation Governance. Für das operative Geschäft ist die Geschäftsstelle zuständig. Sie bereitet die zu treffenden Entscheide zu Handen des Stiftungsrats vor.
Die Bücher der Alexander Schmidheiny Stiftung werden von der ORG Ostschweizerischen Revisionsgesellschaft AG nach schweizerischen Standards geprüft. Die Alexander Schmidheiny Stiftung untersteht der Aufsicht der Ostschweizer BVG- und Stiftungsaufsicht in St. Gallen.